(一)商标归属权不同
1、公司名义注册的商标所有权归公司，企业法人或企业股东不享有对注册商标的专有权，公司注销后，商标也随之无效，因为商标属于公司财产，需要清算。
2、个人名义注册的商标只归个人所有，企业的成立或者注销对商标对没有任何的影响。
(二)注册时提供的材料不同
公司提供的是营业执照和对应的公章，个人提供的是个体执照和法人身份证。
1、公司名义注册需要提供公司营业执照复印件并加盖公司的公章。
2、个人名义注册需要提供个人身份证复印件、个体工商户营业执照复印件。
(三)所有权支配不同
1、公司名义注册要由公司决定商标的使用情况。
2、个人注册权限比较集中，因为个人享有商标的专用权。
(四)商标使用证明不同
1、公司的活动、产品、服务比较多，只要其中一项使用了商标就属于商标的使用。
2、个人则较难证明使用过商标。
(五)稳定性不同
1、公司名义注册的商标不稳定，当公司名义或者地址亦或是公司法人的变更，商标也要做相应的变更。
2、个人名义注册的商标较稳定，个人的身份证一般是不变的，商标也不需要进行变更，相对稳定。
二、商标注册的费用是多少
首先，商标注册申请应按规定缴纳受理商标注册费。受理商标注册费的标准为每件申请1000元(限定商品或者服务项目10个)，每超过一个附加100元。受理集体商标、证明商标注册费的标准均为3000元。
其次，每一份申请书应当附送缴纳申请费的证明。申请商标注册或办理其他商标事宜都应按规定交纳费用。商标局收到申请书件和商标规费后才视为手续齐备予以受理，否则不予受理。
法律依据：
《商标法》
第二十二条
商标注册申请人应当按规定的商品分类表填报使用商标的商品类别和商品名称，提出注册申请。商标注册申请人可以通过一份申请就多个类别的商品申请注册同一商标。商标注册申请等有关文件，可以以书面方式或者数据电文方式提出。
第二十三条
注册商标需要在核定使用范围之外的商品上取得商标专用权的，应当另行提出注册申请。
相信大家看了上面的介绍多多少少也应该知道，个人商标注册和公司注册不管是从注册提交的材料不同，还是归属权支付、使用证明等都是不同的，这点需要特别注意。